Spartan jest środowiskiem do obliczeń mechaniki molekularnej, orbitali w oparciu o metody pół-empiryczne i ab initio. Idealne połączenie potężnych technik obliczeniowych i grafiki realizowanej w czasie rzeczywistym pozwala na dokonywanie nowych pod względem jakości badań chemicznych. Program wyposażony został
w bogate możliwości graficzne pomagające w analizie i interpretacji wyników. Graficzny interfejs użytkownika pozwala min. na interakcyjne budowanie molekuł i polipeptydów, minimalizacje przy pomocy pół sil, animacje modułów wibracyjnych i orbitali molekularnych oraz analizę podobieństwa struktur cząsteczkowych. 

Program posiada następujące funkcje mechaniki molekularnej: pola sił MM2, MM3 i SYBYL dla równowagi struktur; szukanie cyklicznych i acyklicznych molekuł metodą Osawy; metody pół-empiryczne: MNDO, AM1 i PM3 dla energii, równowagi i geometrii stanów przejściowych; modele SM1, SM2 i SM3 Cramera i Truhlara, oraz Dixona i Leonarda w solwatacji roztworów wodnych i metody ab-initio: Hartree-Fock i MP2; automatyczne wyszukiwanie na każdym poziomie; numeryczne i analityczne obliczanie pochodnych przy wyznaczaniu energii; wbudowane zestawy STO-3G, 3-21G, 6-31G. Należy wspomnieć także
o dodatkowych funkcjach, do których zalicza się graficzną prezentację gęstości spinowych
i potencjałów, momenty dipolowe, entalpia
i entropia. Program Spartan przeprowadza optymalizację we współrzędnych kartezjańskich, korzysta z symetrii molekularnej, umożliwia pracę w sieci, pozwala wyświetlać grafikę na komputerach PC i MAC oraz przeprowadzać obliczenia na wielu procesorach.

Entry - Edytor związków organicznych używa 20 podstawowych fragmentów atomowych (np. węgiel sp 3) pozwalających budować najpopularniejsze struktury organiczne. W moduł ten wbudowany jest wybór fragmentów podzielonych na grupy funkcyjne (np. Estry) i pierścienie (np. Fenantryl) by uczynić edytowanie jeszcze prostszym. 

Peptide -  Edytor peptydów zapewnia dostęp do 20 naturalnych aminokwasów i ich stereoizomerów dla szybkiego konstruowania łańcuchów polipeptydowych.

Style wyświetlania wielu modeli jednocześnie.

Własności: Wyświetlanie obliczanych własności, łącznie z parametrami geometrycznymi, wielkościami i powierzchniami, momentami dipolowymi i ładunkami atomowymi.

Powierzchnie: Wyświetla izopowierzchnie łącznie z gęstością elektronową i spinową, potencjałami elektrostatycznymi i polaryzacji oraz orbitalami cząsteczek.

Mapowanie własności: Mapowanie własności dla izopowierzchni. 

Animowanie wibracji: Molekularne i graficzne modele animowane według koordynat wibracji.

Stereo 3D: Wyświetlanie grafiki w stereo 3D jako "kolorowego szkła".

Molekuły zwielokrotnione: Możliwe jest wyświetlanie dowolnej liczby molekuł w tym samym czasie.

Mechaniki Molekularnej: zawiera SYBYL
i MMFF94, nową generację pól siłowych sparametryzowanych specjalnie dla cząsteczek organicznych i biopolimerów.

Pół-Empiryczne: Metody te korzystają
z konstrukcji mechaniki kwantowej + przybliżenia, dane empiryczne, parametry, zawiera MNDO, MNDO/d, AM1 i PM3 z parameterami PM3 dla pierwiastków przejściowych.

Hartre-Fock: Modele Hartree-Fock przy ilościowych poszukiwaniach struktur i energii.