Reference Manager to również "wieloużytkownikowy" program sieciowy. Pracując  z wersją sieciową można czytać i dokonywać wpisów do tej samej bazy wewnątrz jednego zapisu bibliograficznego. Program sieciowy oparty jest na wyborze rodzaju licencji spośród dwóch możliwych - albo licencję opartą na ilości posiadanych stacji roboczych, albo na jednoczesnym dostępie do programu (concurrent licence).

Licencja oparta o stację roboczą umożliwia indywidualnemu użytkownikowi posiadającemu licencję dostęp do Reference Manager w każdym momencie. Licencja ta pozwala również na zainstalowanie programu na komputerze przenośnym, przez co możliwa jest praca zarówno na komputerze stacjonarnym, jak i na notebooku.

Concurrent licence pozwala na jednoczesny dostęp do programu przez sieć ograniczonej liczby osób. Ograniczenie to wynika z ilości zakupionych licencji Reference Manager.